新生儿接种乙肝疫苗，是预防和控制乙肝传播最有效的措施，但有一部分新生儿，通过全程注射乙肝疫苗后，不产生乙肝表面抗体，即对乙肝没有产生免疫力。发生这种情况与以下因素有关：
　　①与疫苗质量：乙肝疫苗属生物制品，需要在2℃～8℃冷藏保存，如果长时间放于常温或高温环境中，将使疫苗变质；超过有效期的疫苗；疫苗长时间放置后有沉淀现象，使用前未摇匀等因素都会影响免疫效果。
　　②接种程序和剂量：目前多采用0、1、6月接种的方法接种，根据母亲乙肝五项指标情况决定接种剂量和时间，如果接种程序不对、剂量不足同样影响免疫效果。
　　③接种部位及方法：在进行免疫效果观察中发现，采取上臂三角肌注射的免疫效果明显高于臀部肌肉注射和其他部位注射。
　　④与孕妇较高的传染性指标有关。有文章报道，母亲的HBV高传染性是导致部分新生儿乙肝疫苗失败的主要原因之一。
　　⑤与HBV的变异有关；
　　⑥与新生儿自身状况及遗传因素有关。有专家研究后发现被动吸烟，可使儿童体内抗体水平下降较快。肥胖的儿童接种乙肝疫苗后被感染的几率是正常儿童的3.5倍。挑食的儿童常有营养不良，使机体免疫功能下降，因而易感染乙肝病毒。